Правильный вариант написания слова – раздельный, «не были». «Не» – отрицательная частица, «были» – глагол, форма множественного числа прошлого времени глагола «быть». По правилам русского языка отрицательная частица «не» всегда пишется раздельно с глаголами. Вариант «небыли» является ошибочным. Пример: Мы никогда не были в горах.