Правильно пишется так – «спасибо за понимание». Это этикетное междометие, выражающее чувство благодарности. После слова «спасибо» запятую ставить не нужно. Ставят ее только в том случае, если после «спасибо» идет обращение. Например: Спасибо, Иван Николаевич, за понимание.