“Не в счёт” пишется в три слова, раздельно. Это устоявшееся сочетание слов, которое принято считать наречием. Чаще используется в разговорной речи. Имеет значение – не считается, не будет учитываться, не важно.
Например: Давайте помиримся и начнём нашу дружбу заново, прошлые обиды – не в счёт.
Есть неофициальная подсказка, которая помогает не запутаться в правописании подобных слов: если можно вставить промежуточное слово, то сочетание слов пишется раздельно. Например: не в большой счёт.