Правильно писать так – «опоздает на урок», в корне слова «опоздает» пишется буква «о». Так как гласная в корне находится в безударном положении, ее написание вызывает сомнения. Чтобы их развеять, нужно подобрать подходящее однокоренное слово, например, «поздний», «поздно» – буква «о» слышится очень четко.