Годунов еще при жизни Ивана Грозного играет важную роль в управлении государством. После смерти сына Ивана – Федора, Годунов был избран царем в 1598 году. Он опирался на дворянство, вызывая недовольство боярской аристократии. Отобрал в казну часть церковных земель и раздавал их дворянам. Добился учреждения самостоятельного патриаршества, ликвидировав зависимость от константинопольской патриархии. В 1598 году заключил перемирие с Польшей на 15 лет.
При Годунове был усилен крепостной гнет. Была проведена перепись крестьян. Крестьяне, записанные в писцовые книги за землевладельцем, подлежали розыску и возврату владельцу в течение 5 лет в случае их ухода. В 1597 году издан указ, по которому свободный крестьянин отработавший за еду и кров на землевладельца больше 6 месяцев становился кабальным холопом. Эта категория населения и их дети теряли право выхода на свободу и служили господину до своей смерти.
В 1601 – 1603 годах в стране случились неурожаи из-за засухи. Это спровоцировало массовый голод, от которого вымирали целые города. Годунов приказал из царских запасов раздавать хлеб.