На правление Василия Шуйского пришлось восстание Ивана Болотникова, которое историки называют Крестьянской войной. В 1606 г. в Московском государстве распространялись слухи о том, что убили не Лжедмитрия I, а другого человека. Этим воспользовались бояре, которые были не довольны правлением Шуйского.
Восстание началось в 1606 г., его участниками стали казаки, бояре, дворяне, крестьяне, холопы, наемники.
Возглавил движение недовольства донской казак Иван Болотников, который организовал походы на Москву (1606), Калугу (1606), Тулу (1607). На момент похода на Москву на сторону Болотникова перешло больше 70 населенных пунктов центральных и южных регионов государства.
После ряда локальных побед, восставшие стали быстро продвигаться вглубь страны, но они недооценили силы противника. При осаде Тулы в 1607 г. битвой руководил царь, сумевший одержать победу. После Тулы Болотникова арестовали, отправили в Каргополь и убили. Остальных руководителей – повесили или отправили в монастырь. Участников восстания утопили, чтобы не проливать кровь.